机动新撰组的特别事项

不受欢迎的新撰组队士
TV版・OVA版中都一样、近藤・土方・冲田三人有着不受欢迎的设定。TV版第2集时，章鱼妖怪对他们说“最好是和比你们还漂亮的姐姐在一起”、OVA版第4集中的鬼妖怪则对三人说“讨厌男人婆的姐姐”（近藤）・“讨厌贫乳的姐姐”（冲田）・“讨厌三白眼的姐姐”（土方）。但是、TV版第8集时，化了妆的冲田反而被人家搭讪。
主角的变更
TV版以龙之介为主角、游戏・OVA版的主角则是弓月新太郎（ゆづき しんたろう、配音演员：野岛健儿（日本））、龙之介是准男主角。TV版中弓月并未登场。弓太郎出场之少，实质上会让人觉得近藤才是主角。
武器变更
游戏・OVA版中土方和近藤・冲田一样以刀为武器（冲田主要是用式神）但是，TV版中土方的武器改为手枪。游戏・OVA版中有着机动甲胄这种类似盔甲的装备存在。
方言的不同
游戏・OVA和TV版中的登场人物所讲的方言会有所差异。 游戏 猫丸的第一人称是“我”（OVA・TV电视版中则是“喵”） 游戏・OVA 龙之介是讲土佐腔 美姫、小夜子是讲京都腔 TV版中 龙之介・美姫・小夜子都是讲东京腔（即所谓的现在的日语） 另外的其他人在两个地方中都是讲同样的方言
土方是机器人的疑惑?
TV版第2集 - 第5集，近藤对于好几次表现出态度冷默的土方说“难不成你是机器人?”而对土方抱持这种怀疑。然后在第5集时，表现出异常的怪力，还能发射导弹的机械土方就此登场。当初、近藤和冲田真的认为土方是一台机器人、实际上是源内为了不知道母亲长相的土方而随便制造出来、不过土方真的不是机器人。这台机械土方后来被真正的土方打坏、但却被源内拿回去修理而出现好几次。
和解?
在游戏・OVA版中近藤・土方有好几次吵架过（在游戏版特别明显）、但在TV版中，却没见过2人有吵架的场面。特别是第5话集时，近藤在打倒土方后（实际上是机械土方，近藤没注意到）而有流下眼泪的场景。最终话时、土方对于死亡的近藤、也能见到她对近藤说不要死的场面。