1950年7月，由于学院马列主义小组书记威因鲍姆被捕。美国联邦调查局的怀疑落到钱学森的身上，并指控钱学森是美国共产党党员，非法入境。此时，钱学森以探亲为由想回到祖国，他会见主管他研究工作的美国海军次长金布尔时,这位海军次长大为震惊，和手下说：“我宁愿毙了这家伙，也不愿让他回国，他在哪里都顶得上5个师。”
金布尔马上通知了移民局，毫不知情的钱先生正准备和家人坐上回国的飞机，移民局突然通知，不准离开，与此同时,美国海关扣留了钱学森的全部行李，这样,钱学森被迫回到了加利福尼亚理工学院。此后,联邦调查局派人监视他的全家和他的所有行动。
1950年9月6日，钱先生突然遭到联邦调查局的非法拘留，在看守所里的钱学森像罪犯一样受尽折磨，据钱学森回忆说：“在被拘禁的15天内,体重就减轻 30磅 .晚上特务每隔1小时就来喊醒我一次,完全得不到休息,精神上陷入极度紧张的状态。”
被拘留后，钱学森的导师和好友筹集1.5万美元，终于将他保释了出来，在此后的5年里，钱学森继续受到移民局和联邦调查局的审问和刁难，5年的自由就这样没了。
钱先生在这5年里却并没有放弃回国的信念，由于美国政府阻止他离开美国的理由之一,是因为他研究的火箭技术与国防有关。当钱学森知道这一点后,就另行选择“工程控制论”作为研究方向,以利于消除回国的障碍.实际上,工程控制论与生产自动化、电子计算机的研制和运用等国防建设课题都密切相关,只不过当时美国当局没有认识到这点罢了。
遇到了美国政客以及美国各个部门的阻挠。但是钱学森同志冲破了重重包围和中国共产党取得联系。中被秘密的遣送回中国。
生活条件差，各种设施不完善，开工困难，专业人士少
美国联邦调查局将钱学森污蔑为间谍，在钱学森即将出境的时候，洛杉矶海关声称，在钱学森托运的行李中，发现了涉及美国机密技术的情报。涉密的有草图、笔记和照片等，总计近八百公斤。他们解释说，联邦调查局之所以扣留钱学森，是因为他企图将这些机密偷运回国，并暗示钱学森是一名新中国的红色间谍，而丝毫不提及钱学森此前已将全部行李交洛杉矶海关查验过
在钱学森即将出境的时候，洛杉矶海关声称，在钱学森托运的行李中，发现了涉及美国机密技术的情报
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