根据化学反应动力学理论，在活化能大的反应中，反应速度随温度变化也大。反之，如果某一反应的活化能非常小，那么该反应的速度随温度的变化也很小。细菌死灭的活化能约在209．4～418．7kj／mol的范围内，这个数值比营养成分中酶或维生素破坏的活化能（8．4～108．9）kj／mol及葡萄犷破坏的活化能100．5kj／mol大得多
业内专家认为，两种方法对牛奶的营养成分破坏有没有差别，国内没有做过比对。但不可否认，由于营养素的破坏与温度和时间有关系，因此，短时超高温的灭菌乳虽然可以将细菌全数杀死，但是蛋白质在高温下易变性，水溶性维生素也容易被破坏，人体吸收蛋白质的效价会小于巴氏奶。
由于巴氏杀菌奶有一定的细菌，酵母含量高，因此按照国际规定，在运输和销售过程中必须保持2～6℃的温度，保质期最长为7～12天。如果不能维持这个温度，巴氏奶中的酵母，大肠菌等会繁殖，产生毒素。在国外，主要是用塑料瓶，或者塑料桶进行储存，要求一旦打开要立即进入冰箱。
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