一般来说，患急性传染病及其恢复期，或者正在发热，或者患心脏病、肾脏病、肝脏病、活动性肺结核和风湿热，以前有哮喘、荨麻疹等过敏史的小儿，不能进行预防接种，早产儿、难产儿及体弱的新生儿，需要等健康状况好转后才能进行接种。有惊厥及大脑发育不全的小儿不能接种百日咳疫苗，拉肚子时不能服用小儿麻痹糖丸。
此外，对某些预防接种还有特殊禁忌的：有结核病史或结核菌试验呈阳性的小儿不能接种卡介苗；有癫痫、抽搐，或患过中枢神经系统疾病(如脑炎、脑膜炎、小儿麻痹症)者，不能接受百日咳疫苗、白喉类毒素及流行性乙型脑炎疫苗的接种；有免疫缺陷的小儿，不能接种活疫苗或活菌；在1个月内注射过丙种球蛋白者，暂时不能接种荨麻疹活疫苗。
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