首先，因为各个城市不同，建筑从规划到办证所管辖的具体部门和收费也是不同的，难以确切回答。一般来讲，是从土地管理局开始，先要拿地。既然你有土地证了，这一部可以省略。然后到规划局，开始项目的规划设计和建筑设计，通常规划窗口部门会告诉准备材料和流程，拿到最终的建设工程规划许可证后，是到建委办理施工许可证，开工许可证，然后可能还要到当地的监察部门备案之类的，建成后，再到规划部门验收，验收后到房屋管理部门办证。基本大的流程就是这些。。。很麻烦吧！！收费来讲，现在政府部门都在减免费用，具体要按照你的面积和当地的规定执行。
最后，我想告诉你的是，你先到当地的规划部门咨询一下，据我所知，现在除了宅基地，是不允许再审批别墅的。因为国家要求提高土地使用效率，在大中型城市是有这样的规定的。所以一般规划部门也会有相应的具体规定，你先咨询一下吧~
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