得看你使用什么协议，如果是POP3协议的话，不会，但是下载的时候会删除网上的邮件，（你可以在网上设置为“下载时保留副本”也就是不删除了，有些客户端上也可以设置）
如果是IMAP协议的话，下载时，不会删除邮件，但是你的所有动作都会反馈到服务器上，比如你将某封邮件标记为已读、删除等，服务器上都会有对于的操作，也就是说相当于你在网页上操作。
但一般而言的邮件客户端使用POP3协议，你可以设置，使用IMAP协议。
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