①用样方法调查植物种群密度时，取样的关键是随机取样，不能有主观因素，①正确；
②土壤中小动物个体微小，活动能力弱，用取样器取样法研究土壤中小动物类群丰富度，②错误；
③在电子显微镜下拍摄到的叶绿体的结构照片属于实物，不属于模型，③错误；
④孟德尔遗传规律的研究过程和摩尔根果蝇眼色遗传的研究过程均用到了假说演绎法，即实验，提出问题．作出假设，实验验证，得出结论，④正确；
⑤研究细胞结构时，用差速离心法分离细胞中各种细胞器，⑤正确；
⑥对酵母菌进行计数时，采用抽样检测的方法，先将盖玻片放在计数室上，用吸管吸取培养液，滴于盖玻片边缘，让培养液自行渗入，多余培养液用滤纸吸去，等酵母菌全部沉降到计数室底部时，进行镜检，⑥错误．
故选：C．
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