医院现设临床和医技科室53个，其中耳鼻咽喉头颈外科、骨科、地中海贫血中心属于广州军区专科中心，肾内科、神经外科、血液外科、军事病理、口腔科均为广州军区重点学科。耳鼻咽喉头颈外科、精神卫生中心是第三军医大学硕士学位授权点学科，超级伽玛刀中心为全国超级伽玛刀培训基地，生物技术诊疗中心拥有全军最大的高标准细胞培养室。此外，脊柱外科手术、甲亢治疗、体细胞治疗等50多项技术位居广州军区和自治区先进水平。
