1.三方协议是在大学毕业时必需签订的，现在已经过去两年了对学校已经没有什么价值了（三方协议主要是为了提高学校的就业率）。所以建议你与学校毕业办联系一下，需要什么手续才能把档案调到郑州？一般情况下学校是可以直接派往郑州的。
2.毕业证丢失了可以申请学校办一个学历证明书，流程如下：http://wenku.baidu.com/view/9f3a90e09b89680203d825af.html
好乱啊，弄不明白，估计你这问题会像皮球似的来回被踢的
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