这种情况应该以房产证的名字为准。你带着房产证、契证到房产大厅再去办理土地证就可以了。
拆迁是房管部门的行政范围,所以应以房产证为准,如果是单位建的房子,可以与单位联系,请求其帮你出具国土证明,缴相应的契税。你最好再咨询一下律师。