首先回答你的毕业学生档案存放的问题。现在一般是除了大型国企和事业单位编制或者公务员外另外的单位（包括大型外企）都不接受员工档案，一般都是放在人才市场。（包括单位委托存放），另外学校一般学生毕业后学生档案可以在学校保存二年。另外关于就业协议都是走的一般程序（既三方就业协议），盖不盖章对你以后就业和档案放在那里没有什么必然的联系。
