请问：《刑事诉讼法》第249条和“判决、裁定在发生法律效力后执行”矛盾吗，谢谢！

1、羁押的性质是什么？其目的是什么？
所有的侦查措施都只是为了保证刑事诉讼的顺利进行，它绝不是一种惩罚措施。这与刑事判决后的执行完全是两码事！尽管执行时，有刑期折抵的问题，但性质是完全不同。
2、一审判决后，无罪或免刑的，当然不应该羁押了，羁押的原因已经消除，释放不影响刑事诉讼的顺利进行，继续羁押有何理由？如果你通盘理解刑法、刑诉法，这时再继续羁押，有何法理依据？事实上，无法定理由羁押，国家是要承担赔偿责任的。
3、不能因为抗诉有可能成立，就对人继续羁押！
抗诉只是检察机关的一种履职行为，其结果可能成功也可能不成功，就算能成功也不能成为羁押的理由，因为羁押只是为了保证诉讼顺利进行！不能因为有可能成功就羁押，这在法理上，永远是不存立的。
如果抗诉成功，该收监执行的，再收监也不迟。不能把保证诉讼顺利进行的强制措施理解为是在执行刑罚，这可是完全不同的两回事。

这两个不矛盾。第一审判决无罪，就要立即释放被告人，这是维护被告人人权的需要。
如果检察机关对无罪判决提出抗诉，或者自诉人提起上诉，要等第二审法院改判被告人有罪并判处拘役、徒刑或死刑后才能将被告人重新收押。

法院都判决被告人无罪或者免除刑事处罚说明被告人已经出于无罪或者不处罚的状况，就不涉及刑罚，都不判刑，检察院还抗诉什么。检察院的抗诉一般都是要被判刑的人员。

那是以后的程序了，不影响判决的执行。