2008-09赛季初始,湖人就以一波7连胜开局。接着科比带领球队打出平队史纪录的最佳开赛19场战绩17-2,到11月中旬,湖人队的成绩为21-3。科比带领球队赢下了几场对争夺NBA总冠军竞争对手的比赛,其中包括在圣诞大战中92-83战胜凯尔特人队、2009年1月19日105-88战胜克里夫兰骑士队、一波6-0从2009年1月30日到2月8日(其中包括分别第二次击败凯尔特人队和骑士队)。结果湖人队整个赛季一直保持着西部联盟第一的成绩。科比这个赛季继续发挥他的优势,连续第11次入选全明星赛,而且一直是最有价值球员奖项的最有力竞争者。科比在12月和1月均荣膺西部月最佳球员,并且三次获得西部周最佳球员。2009年1月,科比两次拿到三双,使他职业生涯三双数达到16场。科比上一次拿到三双还要追溯到2005年。在2009年全明星赛上,科比拿到27分,4次助攻,4个篮板和4次抢断, 与奥尼尔一同分享了全明星赛MVP奖杯。在这个赛季科比也有十分突出的得分表现,2009年2月2日,湖人VS尼克斯,科比全场命中率达到61%,拿到61分,最终126-117赢下了比赛。科比的得分成为了麦迪逊花园广场的最高得分,打破了伯纳德·金的纪录;同时61分也是2008-09赛季的单场最高得分。赛季结束时,科比在NBA总得分榜上已经从第21位升到了第17位,超越了(按时间顺序排列)埃尔金·贝勒(Elgin Baylor)、阿德里安·丹特利(Adrian Dantley)、罗伯特·帕里什(Robert Parish)、查尔斯·巴克利(Charles Barkley)。湖人队在常规赛拿到了65-17的成绩,科比场均得到26.8分,在MVP的投票选举中输给了勒布朗·詹姆斯。在季后赛中分别以4-1、4-3、4-2战胜了犹他爵士队、火箭队和掘金队,带领湖人队连续第二年进入NBA总决赛。最后在总决赛以4-1战胜了奥兰多魔术队,同时科比获得了总决赛MVP的奖杯。他成为第一位继1996年NBA总决赛系列赛中杰里·韦斯特之后场均拿到32.4分、7.4次助攻的球员,同时他还成为继迈克尔·乔丹后第二位在总决赛系列赛中拿到场均30分,5个篮板,5次助攻的球员,并且成为湖人队第六位拿到NBA总决赛MVP的球员