基层学术组织由8个研究中心（国家科技政策东北研究中心、东北大学MPA教育中心、大学生文化素质教育中心、思想政治理论课教学研究中心、科学技术哲学研究中心、政治与公共管理研究中心、张学良研究中心、NPO与社会政策研究中心），13个研究所（技术与社会研究所、教育经济与管理研究所、经济与行政研究所、东北亚区域问题研究所、社会主义研究所、中国近现代史研究所、马克思主义哲学研究所、思想品德教育研究所、伦理学研究所、税法研究所、物流经济研究所、科学技术史研究所、社会保障研究所）和6个系（政治学系、法学系、行政管理系、公共事业管理系、经济学系、新闻学系）组成。
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