境外企业向试点地区提供商标使用权，属于应税服务范围，境内企业应按“现代服务业——文化创意服务——商标著作权转让服务”扣缴增值税，税率为6%，应扣缴税额=接受方支付的价款÷（1+税率）×税率。
另外，境内企业凭税收通用缴款书可以抵扣增值税进项税额。试点实施办法规定，纳税人接受境外单位或者个人提供的应税服务，从税务机关或者境内代理人取得的解缴税款的中华人民共和国税收通用缴款书上注明的增值税额，准予从销项税额中抵扣。要注意的是，纳税人凭通用缴款书抵扣进项税额的，应当具备书面合同、付款证明和境外单位的对账单或者发票。资料不全的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
同时，境外企业转让商标使用权收入，属于特许权使用费范畴，为企业所得税法第三条第三项规定的所得，所以境内支付人在扣缴增值税的同时要扣缴企业所得税，在计算缴纳企业所得税时，应以不含增值税的收入全额作为应纳税所得额。
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