高考通过自主招生进学校的分数，是否算进平均分或分数线内

不会的，自主招生降分录取的时候，走的名额是预留名额，不参与最后的分数统计。
我说一下整个录取流程你就明白了。
先是招办根据志愿和分数对报考该学校的学生进行排队。
然后按照该学校给定的提档比例进行提档。
被提档的学生中，分数最低的那一个人的投档成绩就形成了该学校这一年的提档线。
像楼主这种情况，这个时候档案并没有被投到自主招生的学校。
这时候学校根据有自主招生资格的学生名单，挨个去找学生的分数，如果发现有学生在提档线下20分以内，则会把这个学生的档案调走，然后完成专业录取、调剂、发通知书等流程。
因为这个时候楼主的录取走的是预留名额，所以不计入大厚本的分数统计，最低分依然是最早被提档那一拨人里面被录取的那个最低分，平均分也不会算你的。

首先，自主招生择校原则一般有两种，一是选择正常的比赛条件，以裸成绩排名不能达到，依靠自主招生分数进入学校。二是选择正常的比赛条件，以全裸得分排名，才进入这所学校。

算，自主招生也需要高考成绩，并且所占名额是在当年录取学生数之中。
招生流程
（1）招生简章发布。
每年的11月初-12月份，各高校的自主招生简章会陆续发布，考生和家长可以到高校的官方网站上进行查询。
（2）推荐材料递交。
符合自主选拔录取条件的优秀高中毕业生，经所在中学推荐或自荐的方式提出申请。材料递交截止时间往年在11月底12月初，2013年由于相关政策出台较晚，截止时间延长至12月底。
（3）材料审核。
自主招生学校组织专家组，按照自主确定并经公示的标准和考核办法，对考生材料进行审查，并在进行面试等相关测评、考核后，提出候选人，自主招生学校招生领导小组审核后确定入选考生名单。
（4）参加笔试。
2013年自主招生笔试时间为2-3月份。
（5）进行面试。
各高校根据院校计划进行合理安排，有的高校在笔试当天直接进行面试，有的高校则会在笔试后另外发放面试通知，进行面试考核。
（6）加分通知。
考核通过的入选考生名单须及时报生源所在省级招办备案，并在考生所在中学、自主招生学校网站以及生源所在省级招办指定的信息发布平台或新闻媒体上公布。
（7）参加高考及录取。
入选考生均须参加全国统考，成绩达到生源所在省（自治区、直辖市）确定的与自主招生学校同批次录取控制分数线的，省级招办向考生选报的自主招生学校投档。自主招生学校对先期考核通过并且符合统考成绩要求的考生，进行综合评价、自主选拔录取。
（8）面向社会公布。
自主招生学校录取工作结束后，生源所在省级招办应将自主招生学校自主选拔录取的考生通过本省级招办信息平台和有关新闻媒体向社会公布；自主招生学校须及时将自主选拔录取的已录考生名单在本校网站上公布。

加分优惠
自主招生院校对于考生通过自主招生获得的加分，一般会作出如下要求：
（1）考生的高考成绩总分（含政策加分）不低于本科一批控制分数线；
（2）若入选考生的高考成绩总分（含政策加分）达到我校在当地的提档线，考生可享受在统考实考成绩（不含政策加分）的基础上优惠一定的分数进行专业录取；
（3）对于未达到我校在当地同科类提档线，不低于提档线线下20-30分的考生，我校将予以录取；
（4）对于自主招生考试特别优秀者高考实际考分达到本科一批控制分数线，经所在省级招办批准，由学校审查、录取。