别家公司在我们公司购买商品价值10000元，我公司给该公司开10000元的发票，但该公司实际只支付了5000元，

如果你公司是小规模纳税人
销售时
借：银行存款5000
应收帐款---XX客户5000
贷：主营业务收入10000／（1+3%）=9708.74
应交税费----应交增值税9708.74*3%=291.26
年底收到余款时
借：银行存款5000
贷：应收帐款---XX客户5000
如是一般纳税人
销售时
借：银行存款5000
应收帐款---XX客户5000
货：主营业务收入10000／（1+17%）=8547.01
应交税费---应交增值税（销项税额）8547.01*17%=1452.99
年底收到余款时
借：银行存款5000
贷：应收帐款---XX客户5000

你这个应该是含税价（具体税率不明），所以
借：银行存款5000
应收账款5000+税
贷：主营业务收入10000
应交税费-税额

借：应收帐款——XX公司 5000
银行存款（或现金） 5000
贷：主营业务收入10000／（1+税率）=x
应交税费----应交增值税 x *税率=Y