恩施土家族苗族自治州农业局是正县级政府机构。恩施土家族苗族自治州农科院是正县级事业单位，其隶属州农业局管理。行政级别上可以说一样高，但是单位性质不一样。
恩施土家族苗族自治州农业局是正县处级事业单位。恩施土家族苗族自治州农科院应该是属于农业局的二级单位，副县级或者正科级。
