个人觉得 GIS 工程师涉及的范围比较广，涉及到地理信息系统，测绘，计算机等相关学科。 软件开发工程师是针对软件的开发，一般不会涉及太多行业的知识，主要是一种更加侧重于技术方面的职位。GIS 工作行业少点，职位需求少， 软件工程师涉及行业比较多，职位需求多。工资都挺高，看你具体侧重哪一个了。
