在实际的操作中，要注意的有： 1、取得的发票要有地方税务局的监制印刷章，就是在发票的名称那行字中间要印有XX地方税务局的红色隋圆型印章的发票，包括公路、联运，内河运输、海运，铁路、航空运输的发票。否则，可能税务局不让抵。 2、除了购进固定资产的运费发票不让抵。注意，邮寄的费用也不属于运费，不让抵。 3、发票要在字开具日期内90天内做帐抵，和增值税发票一样。 4、发票可以抵扣的只有标明的“运费、建设基金”这两项，其余的都不能抵，在申报是不一定按照发票金额抵，应注意把其他项目减出去. 在填开《联运发票》时，必须将运输费用和垫付费用、其他费用分别填开。运输费用项目内容包括：自备运输工具运费和代付运费，其中，自备运输工具运费包括公路运费和水路运费，代付运费包括铁路运费、公路运费、水路运费及航空运费。垫付费用项目内容包括：保险费和邮寄费。其他费用内容包括：仓储费、包装整理费、装卸费、业务费及票签费。
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