根据你的内容描述，最接近的就是1990-1991年播出的海底两万里-蓝宝石之心。在第39集大结局里，纳迪亚的哥哥尼奥（已死，被BOSS变成机器人）为了把妹妹从控制中解除，冒着危险去破坏控制器，在BOSS把电源切断的情况下居然还在动。男主角金因中枪摔下柱子而死，被蓝宝石之心救活。那个飞船的船长其实是纳迪尔和尼奥的父亲，最后自己的飞船和敌人的飞碟同归于尽。
