沈阳综合保税区重点承担通关作业、保税物流、保税加工三大主要功能，可进行仓储物流、转口贸易、国际采购、分销和配送、国际中转、检测和售后服务维修、商品展示、研发/加工/制造和海关允许的其他业务等九项业务。形成通关作业、保税物流、保税加工和配套服务四大功能区。
（一）通关作业区：主要承担进出沈阳综合保税区货物的通关查验、集装箱拆拼等功能，布局包括监管仓库、查验场地和集装箱场站等。
（二）保税物流区：主要承担保税仓储、物流增值及区内分拨服务等功能，布局包括保税仓库、集装箱堆场、货物拼装分拣仓库、分拨配送中转站等。
（三）保税加工区：主要承担区内企业的加工、制造、维修和检测等功能，布局包括装备制造加工区、高新技术产品加工区、轻工产品加工区和检测维修区等。
（四）配套服务区：主要开展行政办公、商业、商务、研发、展览展示及其他生产性和流通性服务等业务，布局包括生活配套服务区、科技研发区、展览展示中心、商务办公区、商务及商业配套中心、商业区、行政中心和停车场等。
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