建议：
1. 从购、用发票的过程分析分析情况，仔细查找发票存放的场所，并用发票领购簿上记录的购票号码与开票系统及已开票入账的号码进行核对；
2. 将你单位的发票领购簿的购票记录与国税营业厅售票窗口的售票记录进行核对，看看是否存在少领情况。
如果确认发票丢失，你可根据单位的实际情况，按照国家相关发票管理规定的相应程序，将发票丢失的原因以书面的形式上报，并全力配合税务部门的查验处理工作，积极沟通，争取谅解。
至于违规处罚，要看具体原因，具体对待。
另外，保持良好的税企关系与严格规范的会计工作同样重要。
仅供参考。
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