据历史记载，相传三国时诸葛亮向孟获借“三箭”之地，用计将南方少数民族从雅安赶到沪水（今大渡河）以西，并在打箭炉（今康定）铸箭盟誓，那时，九龙就有了牧民居住。
西汉元封元年（前110年），置九龙县，隶属儋耳郡。因县境九龙山得名。“九龙”为黎语汉译，义为“槟榔”。县治所在县南九龙山下，即今东方黎族自治县感恩镇入学村北，地处平原，毗邻昌感河海口。西汉始元五年（前82年），废儋耳郡后，九龙县隶属珠崖郡。西汉初元三年（前46年），废珠崖郡，入朱卢县，属合浦郡。九龙县辖区约为今东方黎族自治县境。
清朝初期，才正式将九龙定县，仍由本地土司自治管理。乾隆年间，取消县制，归属康定县。
民国十五年（1926），复置九龙县，属西康政务委员会辖。
解放后，隶属西康省甘孜藏族自治州，1955年西康省撤消，并入四川省，改属四川省甘孜藏族自治州。
2000年，九龙县辖1个镇、10个乡、7个民族乡。
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