如何使用mega做进化树

MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化遗传分析。 MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。MEGA 还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。
打开

选择Alignment —- Alignment Explorer/CLUSTAL，出现一个对话框：

根据提示内容，进行选择，在此我选择第一个“Create a new alignment”，出现：

根据自己的序列是核酸还是氨基酸序列进行选择，在此我选择“Yes”，出现：

Date — Open — Retrieve Sequences from File ，选择已在Clustal X中已对齐的格式文件[CLUSTAL文件(.aln)]：

选择之后，得到：

双击文件名可以进行修改 (某些Clustal X版本无法识别原FASTA文件名的，在这里就可以修改了，就像用汉化版的Clustal X 1.81不可以识别某些序列文件名) ，修改后如下：

右键菜单点击删除Clustal X中附带的“※”号行，修改文件名后可以保存“当前比对结果”，以便下次再用。然后再补充一下，此整合了Clustal X程序，菜单Alignment中选择“Align by Clustalx”即可。选择所要比对的序列，单击后出现下面这个对话框：

选择默认设置，点击OK就进行比对了。此后会出现一个过渡对话框，显示的是两两比对和多序列比对的过程：

等待其运行完成后，可以保存，也可以直接删除，出现对话框：

选择Yes，出现：

输入一个名称,如SIV-N2，接下来几步类似,保存后点YES出现:

当这个序列数据界面出来后，注意的主界面发生了一定的变化，多出了几个功能菜单：

选择主界面中的Phylogeny菜单，Bootstrap Test of Phylogeny — Neighbor-joining…

Bootstrap选择1000次重复，模型选择核酸—p-distance。Compute后，得出系统结构树，如下：BY kousyouki

用MEGA构建进化树有以下步骤:
hhh666
1、获得序列
将克隆扩增测序得到的基因进行测序。
2、NCBI上做BL AST
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi
比对找到相似度最高的几个基因，将这几个基因的序列(FASTA格式文件)下载下来，或点击GENBANK登录号，复制FSATA格式，整合在一个*.TXT文档中。
3、比对序列，比对结果转化为*.MEG格式
用MEGA 5.0的CLUSTALW做多序列联配，比对结果用*.MEG格式保存。或者用CLUSTAL X软件进行比对，比对结果保存为*.ALN,再用MEGA 5.0转化为* MEG格式。
4、构建系统进化树
打开保存的*.MEG格式文件，选择邻接法构建系统发育进化树。