本病诊断应注意与鸡新城疫、传染性喉气管炎、传染性鼻炎和慢性呼吸道病及传染性法氏囊病相区别。
（1）鸡新城疫发病一般比本病更严重，雏鸡可见神经症状，产蛋鸡群的产蛋下降比本病更严重；且新城疫有较好的疫苗预防，只要免疫程序合理，易于控制。
（2）传染性喉气管炎主要见于成年鸡，且其在鸡群中的传播比本病慢，但呼吸道症状可能更严重；其炎症主要发生于喉及气管，而炎症更多在支气管和肺。
（3）传染性鼻炎常有面部肿胀，多见于2～3月龄的青年鸡发病，且适当使用抗生素有较好的疗效。
（4）慢性呼吸道病的病程很长，稀粪及发病日龄等方面与传染性支气管炎相类似，且多种药物治疗有效。但法氏囊病的特征性病变是胸肌与腿肌出血，法氏囊先肿大、充血、出血，后萎缩等，且其病程短等均较易与本病区别。
（5）传染性法氏囊病流行速度快，排白色水样稀粪。
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