HFS+为苹果电脑系统要求的磁盘格式，NTFS为windows系统（vista以后）要求的磁盘格式。
苹果系统能读取NTFS格式的磁盘，但不能写入；windows系统不能直接读写HFS+的磁盘。但两者都有第三方软件可以支持读写。
普遍性来说是NTFS占优，这和系统流行度相关就不过多解释了；然后性能上也是NTFS占优，拥有可恢复能力（事件跟踪）和热定位，容错率和安全性高，提供长文件名、数据保护和恢复，对大容量的文件支持效率更好，也消除了旧版的FAT和HPFS文件系统中的限制。
简单来说，看你系统用的是哪个呗。
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