《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税所得税征收管理办法〉的公告》(国家税务总局2012年第57号)第十条规定:汇总纳税应当自年度终了之日起5个月内,由总汇总计算年度应纳所得税额,扣除总和各分支已预缴的税款,计算出应缴应退税款,按照本办法规定的税款分摊方法计算总和分支的所得税应缴应退税款,分别由总和分支就地办理税款缴库或退库。
汇总纳税在纳税年度内预缴所得税税款少于全年应缴所得税税款的,应在汇算清缴期内由总、分分别结清应缴的所得税税款;预缴税款超过应缴税款的,主管税务机关应及时按有关规定分别办理退税,或者经总、分同意后分别抵缴其下一年度应缴所得税税款。
因此,从2013年度所得税汇算清缴起,汇总纳税的跨地区分支也要参加汇算清缴并参与应补应退税款的分配,这与原有的政策有所不同。从上述规定可以看出,汇算清缴的主体仍然是总,分支并不需要进行年度纳税调整,自行计算应纳税所得额和应纳税额,只是根据总填报的分配表中应缴应退的税款,就地申报补退税。为了保证汇缴工作的顺利进行,也需要分支填列年度纳税申报表,但只需要填列有限的几项,与总的年度纳税申报完全是两个概念。同时,为便利就地实施税务检查,也需要分支报送参与年度纳税调整情况的说明,可参照所得税年度纳税申报表附表“纳税调整项目明细表”中列明的项目进行说明,该说明由总确认后提交,涉及需由总统一计算调整的项目不进行说明。
分支除报送所得税年度纳税申报表(只填列部分项目)外,还应报送经总所在地主管税务机关受理的汇总纳税分支所得税分配表、分支的年度财务报表(或年度财务状况和营业收支情况)和分支参与年度纳税调整情况的说明。
跨地区经营汇总纳税的分支,在进行2013年度及以后年度纳税申报时,暂用《国家税务总局关于发布〈中华人民共和国所得税月(季)度预缴纳税申报表〉等报表的公告》(国家税务总局公告2011年第64号)中的《中华人民共和国所得税月(季)度预缴纳税申报表(A类)》格式进行年度纳税申报。分支在办理年度所得税应补(退)税时,应同时附报《中华人民共和国所得税汇总纳税分支分配表》。