A、若果在减数第一次分裂四分体时期发生交叉互换现象，则在减数第二次分裂后期也会有等位基因的分离，A错误；B、在减数分裂的过程中，非同源染色体间的部分交换属于染色体结构变异中的易位，B错误；C、一个基因型为AaBb的精原细胞经减数分裂后一般会形成四个精细胞，为两种基因型，C错误；D、染色体是基因的主要载体，因此基因和染色体具有平行关系，D正确．故选：D．
