A、构成物质的微粒有分子、原子、离子．故A错误；B、分子是保持物质化学性质的最小微粒．故B错误；C、由分子构成的物质发生化学变化时，分子本身发生了有改变，变成了其他物质的分子．故C错误；D、由同种分子构成的物质一定是纯净物，故D正确．故选D．
