收取了的,不过费用应该是向你公司收取的,只要你的工资不少,对你没什么影响的。你的劳动合同是和谁签订的?你的社保是由谁缴纳的?
你说的这种情况就是你的工作关系是在人力资源这里,你是作为派遣工到公司工作,建议你别接受这样的工作,万一发生工伤事故以后很难维权。