在这个里面，我个人觉得你们之间应当构成民事法律关系。双方在平等、自愿的情况下签订《拆迁补偿协议书》，构成合同生效要件，这是行政机关作为一般民事主体在一般民事活动中实施的普通民事行为，与你形成了一般民事法律关系。
审计不能成为逃避民事责任的理由
因此，行政机关违反合同的履行义务之后，按照法律规定，应承担违约责任，你有权向法院起诉要求该行政机关履行合同或者要求赔偿损失。
行政机关在财政收支、财务支出等领域接受国家审计机关审计的行为，则是被告作为行政机关就其行政活动是否符合法律规定接受法定监督机关法律监督的行政行为，由此而形成的法律关系属于行政法律关系，出现的法律责任也是行政责任。
在审计机关就此所涉搬迁补偿支付，审计机关所作的审计结论或行政决定，仅对行政相对人也即该行政机关产生拘束力。
因此该案中，我个人认为你可以以违约起诉该行政机关。
ps：我现在才是法学二年纪的学生。所以可能观点还不一定成熟。最好去咨询一下律师吧~
希望你可以维护到自己的合法权益。
法理面前人人平等，政府也不例外。
祝你好运！
招商引资协议签订之后、遇到行政部门违约、企业应寻求哪些救济？
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