1986年首次招收硕士研究生，二十年来，随着学科建设的发展，每年研究生招生人数已经由十年前的2－3名增加至22名。共授予硕士学位64名。硕士研究生的培养方向主要有牙体牙髓病学、牙周病学、口腔粘膜病学、口腔修复学、口腔正畸学、口腔预防和儿童医学口腔、口腔颌面部整形美容、颌面部肿瘤、口腔材料及组织工程、口腔基础医学。
