2门20-mm M39A2航炮。可挂载AIM-9“响尾蛇”空空导弹；也可以携带多种对地攻击武器，包括MK82/MK84炸弹、CBU24集束炸弹、“小斗犬”空地导弹、“小牛”空地导弹以及激光制导炸弹和无控火箭等等。F-5E有2个翼尖导弹发射滑轨和5个外挂点，有效载弹量3200千克。
