孤山镇现有19个行政村，分别为：冯家屯村、谷家屯村、战家屯村、大姜家村、辛家店村、刘家屯村、刘大房村、沙家屯村、背阴寺村、孤山菜农委、东大于村、大鹿岛村、新立村、宫家屯村、四门张村、庙岭村、兴隆村、万兴村、西土城村。
