原因很多很复杂，例如：
1，皇后为了给华妃面子。
入宫三日后，秀女们要拜见皇后，甄嬛刻意低调，避免引起华妃妒恨。华妃故意为难新人，让她们长跪不起，自己却与皇后闲聊；皇后为护着华妃，适时让新人们起身，博得众人的尊敬。
2，皇帝对甄嬛的关注多，皇后为争宠。
皇帝喜爱甄嬛，破例在未侍寝前晋封甄嬛为“莞贵人”。甄嬛得皇帝关注之事传遍六宫，皇后本就早有戒备，此事让皇后心有戒备。
3，甄嬛在太后那里地位超过了皇后。
甄嬛得太后宠幸，窥见到皇后并不得太后欢喜，又被皇帝冷落，每日靠习字打发时间。太后喜爱甄嬛，着意调教，令其习书法抄经文，沉稳心性。
4，甄嬛有了身孕而皇后没有子嗣。
皇后怕甄嬛因为有了皇帝的骨肉所处地位会超过自己的地位，怕自己的权利受到威胁。
我觉得有一条很重要的原因是 皇后不喜欢纯元。因为纯元让她失了恩宠和她的儿子。甄嬛与纯元相像，皇上待她如同待纯元，因而由此及彼，极其厌恶甄嬛
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