1998年，由于虹口体育场改建，球队该年将主场迁至八万人体育场。年初，申花俱乐部同巴西的圣保罗足球俱乐部结成友好关系，并花费四百万美元在巴西圣保罗建立了青少年足球培训基地。联赛开始前，申花参加了在上海举行的远东俱乐部杯，获得第四名。 联赛11轮后，球队主教练安杰依因战绩不佳被解聘。为了帮助申花取得优异成绩，圣保罗俱乐部委派了三名高水平的巴西外援到申花效力。此后，圣保罗的前任主帅墨里西·拉马尔霍也来到申花执教，使得申花的打法开始向技术型足球风格过渡。同年8月13日，球队核心范志毅转会加盟英格兰足球甲级联赛的水晶宫队。赛季末，上海申花以11胜12平3负积45分的战绩，获得联赛亚军。同年的中国足协杯，上海申花在决赛中以两回合总比分4-2战胜辽宁天润，获得冠军。同年的沪港杯赛，申花队在客场1-0击败香港队，获得冠军。
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