生鸡粪粪中含有大肠杆菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播。其中鸡粪中种蝇成虫产卵有趋向未腐熟粪便的习性，施用未腐熟鸡粪越多，种蝇幼虫为害越重。造成果树烂根、黑根、黄叶、树势早衰、黄化病等，严重时导致植株死亡。
备注：用EM菌（农业种植专用型）5升（发酵1吨生鸡粪用量）兑水稀释300公斤，用150公斤稀释液细致喷洒，充分搅拌均匀，然后封闭发酵，厌氧处理10天，再用剩余的150公斤稀释液细致喷洒，充分搅拌均匀，这次不需要封闭（有氧发酵），但需勤搅拌3-4次（有氧处理），充分腐熟即成有机生物肥料。
也可以用EM菌发酵粪水施用，方法如下：
按EM菌种1：红糖1：粪水200的比例混合搅拌，盖上薄膜，每1—2天搅动一次，5—7天即成，用时加水200—500倍稀释即可使用。
