in 往往表示被使用物品的性状；with 往往表示被使用物品的类型。
比较：
He wrote the letter with a fountain pen. 他用墨水笔写了这封信。
用笔写的，with指明了用的是哪一种笔。
He wrote the letter in red ink. 他用红墨水写了这封信。
字当然是用墨水写的，in指明了墨水是“红色”的。
with用于你可以直接使用操作的东西
in更多是指间接控制掌握，不去触碰的
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