A、为了获得重组质粒，一般使用同一种的限制性内切酶切割目的基因和运载体，从而露出相同的黏性末端，A错误；B、利用基因枪法将目的基因直接导入到水稻细胞，B错误；C、通过植物组织培养技术得到的胚状体、不定芽、顶芽和腋芽等材料，包裹着人工薄膜可制成神奇的人工种子，C正确；D、cDNA文库相同的前提是mRNA相同，但不同器官和组织中基因发生了选择性表达，产生的mRNA不同，D错误．故选：C．
