1932年，由国立北平研究院和北平中法大学合作创建国立北平研究院药物研究所。1933年，国立北平研究院药物研究所迁至上海。1950年3月，并入中国科学院有机化学所，为药物化学研究室。1953年，成立中国科学院药物研究所。1970年，中国科学院药物研究所改名为上海药物研究所。1978年，上海药物研究所更名为中国科学院上海药物研究所。 2003年，中国科学院上海药物研究所搬迁至浦东张江高科技园区。
