A、番茄果实的表皮具有保护内部柔嫩部分的功能，属于保护组织，皮肤在结构层次上属于器官，不符合题意．
B、番茄果实的表皮具有保护内部柔嫩部分的功能，属于保护组织，皮肤的表皮属于上皮组织，不符合题意．
C、番茄果实的表皮属于保护组织，皮肤最外面的表皮是由上皮细胞构成的，属于上皮组织，不符合题意．
D、番茄果实的表皮属于保护组织，人的皮肤属于器官 因为它由上皮组织、结缔组织、神经组织等构成，具保护、分泌、排泄等功能所以是器官．
故选：D
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