1935年，国立中央大学在南京建立医学院；
1937年，抗日战争爆发，随大学迁往成都华西坝；
1946年11月，抗战胜利，随大学迁回南京；
1949年5月，更名为国立南京大学医学院；
1950年10月，新中国成立，更名为南京大学医学院；
1952年1月，医学院正式独立，更名为华东军区医学院；
1952年3月，更名为第三军医学院；
1953年3月，更名为第五军医大学；
1954年，随第五军医大学迁往西安，成为今日第四军医大学的主要前身；
1954年，留下的部分专家教授及老师与三所军队医科学校共同组建成为中国人民解放军第六军医学校；
1958年，更名为南京铁道医学院；
2000年4月，合并至东南大学；
2009年12月，基础医学院和临床医学院合并成为东南大学医学院。
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