A、来自同一个人的基因相同，表达的HLA也相同，所以按上述方法克隆的器官，可解决临床上存在的移植后免疫排斥的问题，A正确；
B、③阶段的细胞来自于囊胚中的①内细胞团．从细胞水平上看，卵裂的分裂方式是有丝分裂，B正确；
C、由于没有形成一个完整的个体，所以不属于细胞的全能性，原理是利用的细胞分裂和细胞分化的原理，C错误；
D、在胚胎移植的过程中，一般对供体和受体动物进行同期发情处理，主要目的是使供、受体的生理状态相同，以保证移植的胚胎能够继续正常发育，D正确．
故选：C．
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