中国科学技术大学有以下院系：
少年班学院
数学科学学院
物理学院
化学与材料科学学院
生命科学学院
工程科学学院
信息科学技术学院
计算机科学与技术学院
地球和空间科学学院
管理学院
公共事务学院
材料科学与工程学院
中国科学院金属研究所
天文与空间科学学院 (紫金山天文台)
纳米技术与纳米仿生学院(苏州纳米所)
核科学技术学院
环境科学与光电技术学院
马克思主义学院(中共安徽省委党校共建)
微电子学院(长春光学精密机械与物理研究所共建)
软件学院
苏州研究院
上海研究院
国家同步辐射实验室
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