A、衰老细胞中酶活性降低,但细胞中酶活性降低细胞不一定是处于衰老过程中,如温度、PH等因素都能影响酶的活性,A错误;
B、癌细胞是正常细胞异常分化的结果,细胞凋亡可以清除体内癌细胞,B正确;
C、受精卵具有全能性的原因是其含有生物体生长发育的全部基因,不是因为受精卵中基因都被表达,C错误;
D、不同种细胞的细胞周期时间不同,同种细胞的细胞周期在不同阶段细胞周期不同,D错误;
E、细胞凋亡是由细胞内基因控制的细胞程序性死亡,凋亡细胞中基因表达能力不会降低,E错误;
F、分化后细胞的形态结构不同,细胞内可能存在相同的蛋白质,例如呼吸酶,F错误.
故选:B.