日本一日交通卡

如图，最便宜的应该是买“东京シャトル&サブウェイパス”（即东京shuttle&subway pass）这张通票。可以乘坐东京地下铁，都营地下铁和东京站往返成田机场的巴士。
你要买的话，就买地铁一日票加机场往返的1700日元的那个，贩卖的地点在成田机场到达大厅的“京成バス乗车券発売カウンター”（即京成巴士车票贩卖柜台）。

不过这样的话，你的行程会有一点小小的变动，倒也不复杂。因为那个往返机场的巴士是从东京站乘坐的，所以你的线路要更改为机场，东京站，筑地市场，新宿，原宿，涩谷，东京站，机场。
东京站到筑地市场的路线如下图，全程地铁，20分钟左右，无需再买票。从东京站坐东京地下铁丸之内线到大手町，再换东京地下铁东西线快速到门前仲町，再换都营地铁大江户线到筑地市场。

然后涩谷到东京站线路如下，先坐东京地下铁银座线到赤坂见附，再换丸之内线到东京站。20分钟左右，也无需再买票。

但是新宿到原宿，原宿到涩谷的话是只能乘坐JR山手线，不能使用通票。，两趟一共多花266日元

成田机场有卖：Keisei Skyliner & Tokyo Subway Ticket
包括到成田机场到上野的Skyliner车票（单程和往返自选）
和东京所有地铁票（24小时到72小时自选）

价格比较便宜，需要凭护照买。
PS:注意是只是地下铁，不能坐JR火车。