①生物进化的实质是种群基因频率的改变，①错误；
②基因突变是不定向的，生物进化的方向是一定的，②错误；
③环境条件保持稳定，说明自然选择对种群基因频率没有影响，但是可能存在基因突变和染色体变异、遗传漂变，交配方式等影响种群基因频率改变的其他因素，因此种群的基因频率可能发生改变，③错误；
④共同进化指不同的物种之间、生物与无机环境之间在相互影响中不断进化和发展，共同进化是生物多样性形成的原因，④正确；
⑤基因突变为生物进化提供了最初的原材料，⑤错误．
故选：B．
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