各侧面在都是正方形的棱柱的底面各边长相等，但不一定是正多边形，故（1）错误；若一个简单多面体的各顶点都有3条棱，则其顶点数V、面数F满足的关系式为2F-V=4，故（2）正确；若直线l⊥平面α，l ∥ 平面β，则存在直线m ∥ l，m?β，则m⊥α，则α⊥β．故（3）正确；命题“异面直线a、b不垂直，则过a的任一平面与b都不垂直”为真命题，故其否定（4）错误；故选A．
