大蒜上病虫害不算多。主要且常发的有大蒜锈病（俗称黄疸），大蒜疫病（干尖）和大蒜腐烂病，以及一些地下害虫如蒜蛆等。每年由于雨水、气温、节气等因素，发病情况有所不同。总体来说发病不算重。2020年由于倒春寒以及后期雨水偏多，导致北方很多蒜区锈病发生非常厉害，后期甚至叶片发病部位连在一起，造成干枯死亡。这类病害需要用高等真菌药剂比如苯醚甲环唑、戊唑醇、啶酰菌胺、醚菌酯等来防治。
